Mass Effect Andromeda, Mass Effect 2 ve 'ün arasındaki zaman diliminde geçiyor. Samanyolu Galaksisinde Collector ve Reaper tehdidi devam ederken, Andromeda Initiative adındaki bir şirket, mmmm belki birkaç kişiyi Andromeda'ya yollamalıyız, burada işler çok sakat diye düşünerek bir projeye atılıyor. Samanyolundaki ırkların bir araya gelip desteklediği bu projeye göre amaç, her ırkın kendi gemisine doldurduğu 20 biner kişiyi, cryostatis, yani dondurma yöntemiyle Andromeda Galaksisine gönderip, orayı kolonileştirmek. 600 yıl sürecek bu yolculuk öncesi, Andromedadaki tüm yaşanılabilir gezegenler işaretleniyor, planlar yapılıyor ve herkes derin uykuya geçtikten sonra da yolculuk başlıyor.